从头设计新型化合物

从头设计新型化合物服务介绍

1 产品概述

本产品技术服务中意昂4首先基于蛋白结合口袋设计出高亲和力化合物🦸‍♀️，再结合关键算法模(MegaMolBART)与分子对接技术，最后通过分子生成🪒、高通量筛选✨、精细化筛选🏙、成药性及可合成性分析🚖、结合构象预测最终筛选高潜力候选新型分子。

2 产品筛选流程

    2.1 结合口袋的确定

利用客户提供诱饵蛋白和它的配体进行结合口袋的确定⇨，用于在位置设计化合物（理想情况下）。客户如无法提供口袋信息，意昂4利用软件预测诱饵蛋白的结合口袋🔥🍻，并在结合口袋处设计化合物（这种情况主要针对的是老师没有配体信息👩‍🎨，需要意昂4协助去找蛋白的结合口袋）。

    2.2 MegaMOLBART设计化合物

确定好诱饵蛋白的结合口袋后使用MegaMolBART设计诱饵蛋白的高亲和力化合物🛐，意昂4每个蛋白设计300个化合物。设计出来的化合物意昂4经过能量最小化和加氢加电荷处理后使用OpenBabel转化为docking的pdbqt格式👎🏽🧽。MegaMolBART是一款基于等变扩散模型的结构驱动药物设计工具，能够高效生成、优化和修饰分子结构，支持从头设计、子结构修复及分子优化等多种任务💁🏼‍♀️，并通过进化算法提升化合物的药物可及性和合成易度，兼具高效性、灵活性和优化性能🏌🏼‍♀️，广泛适用于药物发现和化合物设计领域🥄。

    2.3 Autodock vina高通量分子对接

首先使用Autodock Vina进行第一次的高通量筛选，可以快速筛选出潜在的有意义的化合物和蛋白的互作，Autodock Vina高通量筛选的高效性使得在大规模数据集中进行初步筛选成为可能🤙🏻。意昂4提取化合物库中高通量筛选Max Affinity（最大亲和力）值中的前50进入第二轮精细化筛选📙。精细化筛选能够提供最为精确的对接结果𓀉🚣🏽‍♂️，进一步缩小候选范围。

    2.4 Autodock vina精细化分子对接

在最后一步的精细化筛选，意昂4会提取高通量筛选Max Affinity值中的前50进入最后一轮精细化筛选，最后一轮精细化筛选是对接精度最高，对接结果最可靠的一步，Max Affinity值越低，对接预测越准确🍊。Autodock Vina在蛋白和化合物对接方面具有高准确率，有助于确认与化合物高度互作的候选蛋白。

3 拟交付结果